跨学科硕士论文查重挑战的原因主要包括：1.不同学科领域的专业术语和写作风格差异导致难以统一；2.跨学科性使得论文内容涉及范围广泛，难以深入研究；3.跨学科硕士论文往往需要综合不同学科的理论和方法，难以确保独创性。针对这些挑战，建议学生在选题时尽量明确研究范围，注重文献综述，避免无意间抄袭他人观点，保证论文原创性。

跨学科硕士论文查重挑战的解决方法可以从以下几个方面入手：1.合理规划写作时间，避免临时抱佛脚导致论文质量下降；2.在写作过程中注意标注引用来源，避免无意间抄袭他人作品；3.利用查重软件进行反复检查，确保论文的原创性和学术诚信。此外，建议学生可以寻求导师或专业编辑的帮助，及时纠正论文中存在的问题，提升论文质量。