硕士论文查重后的修改建议包括：1.检查和修改重复内容；2.优化论文结构和逻辑；3.增加原创内容和观点；4.修正语法错误和格式问题；5.完善参考文献和引用格式。在修改时，应注重保持论文原意和主题不变，同时注重学术规范和逻辑性。

对于硕士论文查重后的修改建议，还应注意避免简单替换词语或句式，而应深入思考论文内容，确保修改后的论文更加严谨和完整。此外，可以请教导师或专业编辑进行审阅，以获取更专业的修改建议和意见。在修改过程中，要耐心细致，确保每一处修改都能提升论文质量，使论文更具学术价值和可读性。